个旧市人民检察院前身是于1953年7月30日成立的个旧市人民检察署，至1954年10月7日正式改名为个旧市人民检察院。1968年个旧市军事管制委员会下设个旧市公检法军事管制委员会，取消个旧市人民检察院等政法机构，直至1978年3月，五届全国人大一次会议通过的宪法规定，重新设置人民检察院，同年7月5日，经中共个旧市委批准，个旧市人民检察院正式挂牌办公。

截止2020年11月，个旧市人民检察院设置内设机构8个，分别是第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合业务部、办公室、政治部。政法专项编制51名，工勤编制2名，实有50人；员额检察官编制20人，实有17人；检察官助理18人；司法行政人员9人；检察技术1人；工勤1人；法警4人；聘用制书记员19人；中共党员41人。除办公室和政治部外，其余六个部门均配置员额检察官。按照案件类型组建专业化办案组织，实现一个案件由一个办案组或检察官负责到底，统一履行审查逮捕、审查起诉、诉讼监督等职责，提升法律监督整体效能。

1995年1月，个旧市人民检察院被最高人民检察院授予全国模范检察院称号，迄今为止，已获评各类国家级荣誉称号10余次，连续八年被评为全国“检察宣传先进单位”，连续四届保持“省级文明单位”，连续五次被高检院授予全国检察机关“文明接待室”荣誉称号，驻看守所检察室连续两次被高检院评定为一级规范化检察室等多项荣誉。